Estadia en colo colo

Para el segundo semestre del año 2006, Udinese Calcio estima que Alexis nesesita "foguearse" antes de jugar en la Serie A de Italia. Es asi que se va en calidad de prestamo a Colo-Colo, que se hizo de sus servicios para el Torneo de Clausura y la Copa Sudamericana 2006. Con actuaciones de gran nivel y formando un trío temible con Humberto Suazo y Matías Fernández (trío que después se repetiría por la Selección Chilena), Sánchez logró coronarse campeón de los torneos Clausura 2006 y Apertura 2007 con el club "albo". En la Copa Sudamericana, Alexis siguió demostrando su categoría al ser fundamental en las semifinales donde eliminaron a Toluca, y en el partido de ida ante Pachuca. Sin embargo, perdió la final ante el club mexicano en el Estadio Nacional de Santiago.